"Eğitimde İş Birliği Protokolünün" amacı eğitimin niteliği ile ilgili öncelikli olarak belirlenmiş alanlar başta olmak üzere, taraflarca uygun görülen tüm alanlarda, planlı çalışmalar yürüterek, özellikle öğrencilerin başarı seviyelerini yükseltecek olan tüm eğitim hizmetlerinin niteliğini arttırmak; eğitim programlarının geliştirilmesi, öğretmen yeterliklerinin uygulamalı eğitim faaliyetleriyle arttırılması, mezun olma durumuna gelmiş öğretmen adaylarına mesleki tecrübe kazandırılması ve ailelerin sosyal, kültürel ve mesleki gelişimlerine destek olunması noktasında, taraflar arasında iş birliği ve koordinasyonu sağlamaktır. 

Muş İl Milli Eğitim Müdürlüğüne bağlı okulların ihtiyaç duyabileceği mesleki gelişim eğitimleri, eğitim alt yapılarının iyileştirilmesi, okullarda eğitimin niteliğinin geliştirilmesi yoluyla öğrencilerin öğrenme başarılarını artırma, daha ileri düzeyde öğrencilere öğrenim görme fırsatı sunmak, eğitim süreçlerinin değerlendirilmesi, seminer ve projelerin nitelik yönünden geliştirilmesi, eğitim-öğretim desteği sağlanması, öğrencilerin üniversitenin akademik ve araştırma birimlerini ziyaret etmesi, üniversite öğretim üyeleri tarafından ilgili okullardaki öğrencilere dersler verilmesi, bilimsel çalışmaların geliştirilmesi, ulusal veya uluslararası kaynaklardan finanse edilmek üzere ortak proje önerileri hazırlanması, Milli Eğitim Müdürlüğüne bağlı okullarla birlikte bilimsel ve kültürel içerikli toplantılar yapılmasını kapsayan ve 5 yıl süreli, Muş Alparslan Üniversitesi ile Muş İl Milli Eğitim Müdürlüğü arasında "Eğitimde İşbirliği Protokolü" Muş Alparslan Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Fethi Ahmet POLAT ve İl Milli Eğitim Müdürümüz Emin ENGİN tarafından imzalandı.